体臭の発生原因はさまざまですが、もっとも大きな原因はアポクリン腺やエクリン腺から分泌された汗が細菌によって分解されたときに発生する体臭と、皮脂腺から分泌された皮脂が酸化し、細菌によって分解されたために発生する体臭、またはそれらが交じり合ったために生じる体臭です。
またこの他にも病気が原因で発生する体臭や、腸内環境が悪化し、毒素や有害物質が血液を循環して皮膚や肺から排出されたために発生する体臭などがあります。
このように体臭の発生メカニズムはすべての人が同じですが、同じ生活や食生活をしていてもニオイの種類や強さが違うのは、遺伝子が関係しているといわれていますが、明確には分かっていません。